私の場合もランドスケープモードですが、main.xmlにはFrameLayout他は定義しましたが、admob部分に関するレイアウトは記述しない方法で実装しました。

参考までにmain.xmlを抜粋しますが、admob部分については記述しませんでした。
配置するFrameLayoutが関係するのでその部分を抜粋します。

<FrameLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"

	xmlns:myapp="http://schemas.android.com/apk/res/xxx.xxx.xxx"

    android:id="@+id/mFrame" 
    android:orientation="horizontal"  
    android:layout_width="fill_parent"
    android:layout_height="fill_parent"
    >

....以下省略（adMobに関する記述はありません。）

としました。

あとは、Main.javaのメインアクティビティのonCreate内で、
　　①mFrameをレイアウトから取得、
　　②adMobのAdViewインスタンスを生成、
　　③生成したAdviewインスタンスをmFrameに配置する、
というコードを実装しています。

Main.javaのonCreate()

public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        requestWindowFeature(Window.FEATURE_NO_TITLE);
        getWindow().addFlags(WindowManager.LayoutParams.FLAG_FULLSCREEN);
        
        setContentView(R.layout.main);
・・・省略・・・
        //// ①mFrameをmain.xmlのレイアウトから取得
        FrameLayout mFrameLayout = (FrameLayout)findViewById(R.id.mFrame);
・・・省略・・・
        //// ②adMobのAdViewインスタンスを生成
        AdView adView = new AdView(this, AdSize.BANNER,"xoxoxoxoxoxoxox");
        adView.setGravity(Gravity.RIGHT|Gravity.BOTTOM);

        //// ③生成したAdviewインスタンスをmFrameに配置
        mFrameLayout.addView(adView,FP);
        AdRequest request = new AdRequest();
        adView.loadAd(request);
・・・省略・・・
}

参考になりますでしょうか。