＞wordpressの標準関数は利用できないのでしょうか？

使えると思います。
ただ、ご指摘のような have_posts(), the_post(), the_permalink() などのループ関数を使用する場合はquery_posts()関数か、WP_Query()を使って、事前にデータを問い合わせる必要があります。

query_posts()を使った場合の例を示します。

試しに処理の前に　
query_posts( array() );
を追加してみてください。

query_posts( array() );
if ( have_posts() ){
echo “have posts !\n”;
while( have_posts() ){
the_post();
echo the_permalink() . “\n”;
}
}

上記を事前に実行すると、エントリの一覧が出力されます。
query_posts() の引数にあたえる配列は、用途に応じて多様なものを指定できます。

たとえば「投稿」のみを　最大1000件表示したい場合は

$args = array(
‘post_type’ => array( ‘post’ )
,’posts_per_page’ => ‘1000’
);
query_posts( $args );

のようにすることができます。
詳しくはCodexのページを参照いただければと思います。
（リンクを貼ろうと思ったのですが、何かWPの日本語Codexのページが重たいようなので、query_posts や WP_Query でぐぐっていただけたらと思います。）

バッチではなくURLアクセスからの通常の場合は、最新記事を表示するループ用、単一投稿ページにカレントIDの投稿を一つ表示するループ用、固定ページにカレントIDの固定記事を表示するループ用、検索結果のページに結果を表示するループ用　といった問い合わせをワードプレス側で自動的にURLから判断して事前に実行してくれています。

wordpressの標準関数は利用できないのでしょうか？
よろしくお願いいたします。